学院制作为牛剑的一大特色，它决定了学生的身份识别。在其他的大学，通过“系”就能界定学生从属，但是在牛剑，需要使用“系”和“学院”双重界定。
首先要明确的是：在牛津和剑桥，系是Department和学院是College，和中国大学的“学院”概念完全不同。
“系”直接归属于大学，负责课程内容和考试管理，按照不同专业划分不同科系，比如数学系、物理系等。
牛剑每一个学院都是高度自治的，会独立招生不同专业的学生，有自己的申请要求和录取过程，各个学院会有自己的导师配置，很多专业都可以实现一个学院内的导师教学，也有一些专业会安排其他学院的教授来指导。
在申请环节选择适合的学院也是很重要，不同学院的导师研究方向会有不同，可以提前查询自己目标专业在不同的学院的侧重点，了解导师的偏好，选择更适合自己的学院，在面试环节也能更好的展现自己。
对于牛剑的学生而言，学院不仅仅是他们学习、生活、娱乐、起居的地方，同时也是牛津、剑桥这个大集体中的一个小型社会。每个学院都有自己的传统和荣誉标志，学生在自己学院里可以与不同专业的学生交朋友，互相交流讨论想法，通过与其他顶尖本科生不断互动来提升思维能力、沟通能力、社交能力，这种学院制的归属感，会帮助学生拥有一个终生相伴的社交圈。为了强化学生的凝聚力，各学院之间也会定期举办竞赛，其中比较受欢迎的有划船、橄榄球、象棋和辩论等等。
